Ar Ge İndirimi ile ilgili olarak 11 sayılı KVK Genel Tebliğinde yapılan açıklamalar şunlardır:
KVK 11 Sayılı Genel Tebliği MADDE 16 – Aynı Tebliğin “10.2. Ar-Ge indirimi” başlıklı bölümü aşağıdaki şekilde değiştirilmiş ve bu bölümün alt bölümleri Tebliğ metninden çıkarılmıştır.
“Ar-Ge indirimi uygulamasına ilişkin 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesinin birinci fıkrasının (a) bendi, 6728 sayılı Kanunun 58. (not: Tebliğde 57 yazmasına rağmen gerçekte 58. Madde olmalıdır) maddesi hükmü gereğince 9/8/2016 tarihi itibarıyla yürürlükten kaldırılmıştır.
Yine 6728 sayılı Kanunun 60 ıncı maddesiyle, 5746 sayılı Kanuna 3/A maddesi eklenmiştir. 5746 sayılı Kanunun 3/A maddesinde, gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ilişkin Ar-Ge indirimi müessesesi düzenlenmiştir. Buna göre, gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının %100’ü, bu kapsamdaki projelerin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla, 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesi ve 193 sayılı Kanunun 89 uncu maddesi uyarınca kazancın tespitinde indirim konusu yapılacaktır.
Buna göre, 9/8/2016 tarihinden itibaren 5746 sayılı Kanunun 3/A maddesi kapsamında yapılan başvurulara konu yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme projeleriyle ilgili indirim uygulamasında 5746 sayılı Kanun ve buna ilişkin düzenlemeler dikkate alınmak suretiyle Ar-Ge indirimi uygulamasından faydalanılacaktır. Diğer taraftan, 9/8/2016tarihinden önce bu Tebliğ düzenlemeleri çerçevesinde yapılan başvurulara konu projelerle ilgili olarak Kurumlar Vergisi Kanununun 10 uncu maddesinin birinci fıkrasının (a) bendinin 6728 sayılı Kanunla değiştirilmeden önceki hükümlerine göre Ar-Ge indiriminden yararlanılacaktır.”
Yukarıda, yürürlükten kaldırıldığı bahsedilen KVK’nun 10/1-a bendi şöyle idi:
a) Mükelleflerin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının % 100'ü oranında hesaplanacak "Ar-Ge indirimi".
Yürürlükten kaldırılan bu bent ile ilgili açıklamaların yapıldığı 1 Sayılı KVK Genel Tebliğinin 10.2 Ar Ge İndirimi başlıklı bölümü de dolayısıyla iptal edilmiştir. Bunun yerine yukarıda verilen açıklamalar yapılmıştır. Bu açıklamalarda, 6728 sayılı Kanunun 60. maddesiyle, 5746 sayılı Kanuna 3/A maddesi eklendiği belirtilmektedir. Bu madde şöyledir:
6728 Sayılı Kanun MADDE 60 – 28/2/2008 tarihli ve 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun;
a) 3 üncü maddesinden sonra gelmek üzere aşağıdaki 3/A maddesi eklenmiştir.
“Diğer teşvik unsurları
MADDE 3/A – (1) Gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının %100’ü, bu kapsamdaki projelerin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla, 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesi ve 193 sayılı Kanunun 89 uncu maddesi uyarınca kazancın tespitinde indirim konusu yapılır. Ayrıca bu harcamalar, 213 sayılı Kanuna göre aktifleştirilmek suretiyle amortisman yoluyla itfa edilir, bir iktisadi kıymet oluşmaması hâlinde ise doğrudan gider yazılır.
(2) Kazancın yetersiz olması nedeniyle ilgili vergilendirme döneminde indirim konusu yapılamayan tutar, sonraki vergilendirme dönemlerine devredilir. Devredilen tutar, takip eden yıllarda 213 sayılı Kanuna göre her yıl belirlenen yeniden değerleme oranında artırılarak dikkate alınır.
(3) Araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile doğrudan ilişkili olmayan giderlerden Ar-Ge indirimi hesaplanmaz. Ar-Geindirimi tutarının hesabında tamamen araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanılan amortismana tabi iktisadi kıymetler için hesaplanan amortismanlar ile başka faaliyetlerde de kullanılan makine ve teçhizat için hesaplanan amortismanların bu kıymetlerin araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanıldıkları gün sayısına isabet eden kısmı dikkate alınabilir. Bu madde kapsamında Ar-Ge indiriminden yararlanılacak harcamaların kapsamını ve uygulamadan yararlanılabilmesi için gerekli belgeler ile usulleri belirlemeye Maliye Bakanlığı ile Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı müştereken yetkilidir.”
b) 4 üncü maddesinin beşinci fıkrasında yer alan “193 sayılı Kanunun 89 uncu maddesinin birinci fıkrasının (9) ve (13) numaralı bentleri, 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesinin birinci fıkrasının (a) ve (ğ) bentleri hükümleri ile” ibaresi “193 sayılı Kanunun 89 uncu maddesinin birinci fıkrasının (13) numaralı bendi, 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesinin birinci fıkrasının (ğ) bendi hükümleri ile” şeklinde değiştirilmiştir.
İşte, 11 sayılı KVK Genel Tebliğinin 16. Maddesinde bu düzenlemeye ilişkin açıklamalar yapılmıştır. Buna göre;
Gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ilişkin Ar-Ge indirimi müessesesi düzenlenmiştir. Buna göre, gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının %100’ü, bu kapsamdaki projelerin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla, 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesi ve 193 sayılı Kanunun 89. maddesi uyarınca kazancın tespitinde indirim konusu yapılacaktır.
Buna göre, 9/8/2016 tarihinden itibaren 5746 sayılı Kanunun 3/A maddesi kapsamında yapılan başvurulara konu yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme projeleriyle ilgili indirim uygulamasında 5746 sayılı Kanun ve buna ilişkin düzenlemeler dikkate alınmak suretiyle Ar-Ge indirimi uygulamasından faydalanılacaktır. Diğer taraftan, 9/8/2016tarihinden önce bu Tebliğ düzenlemeleri çerçevesinde yapılan başvurulara konu projelerle ilgili olarak Kurumlar Vergisi Kanununun 10 uncu maddesinin birinci fıkrasının (a) bendinin 6728 sayılı Kanunla değiştirilmeden önceki hükümlerine göre Ar-Ge indiriminden yararlanılacaktır.”